Lorsque le terrain est constitué d’un sol imperméable (argile ou roc) ou est constitué de remblai (sol remanié non naturel), un traitement tertiaire avec rejet au fossé peut être installé. Ce système vise la désinfection et/ou la désinfection et la déphosphatation. La désinfection permet l'élimination des coliformes et des virus. Elle se fait à l'aide d’une lampe à rayonnement UV ou d’un filtre à sable. La déphosphatation, qui sert à prévenir la prolifération des algues dans les lacs, est effectuée par différentes technologies présentées ci-dessous.